一、增值税。根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1的附件《销售服务、无形资产、不动产注释》规定，直接收费金融服务，是指为货币资金融通及其他金融业务提供相关服务并且收取费用的业务活动。包括提供货币兑换、账户管理、电子银行、信用卡、信用证、财务担保、资产管理、信托管理、基金管理、金融交易场所（平台）管理、资金结算、资金清算、金融支付等服务。因此，担保服务属于金融服务下的直接收费金融服务。又根据第十二条规定，服务（租赁不动产除外）的销售方或者购买方在境内就属于在境内提供增值税应税服务，应当缴纳增值税。

根据《增值税暂行条例》规定，凡在境内未设有经营机构的境外企业（非居民企业），有源于境内的收入或所得，均应以其境内代理人为扣缴义务人；没有代理人的，以支付人（购买方）为扣缴义务人。因此，支付担保费需要代扣代缴增值税。

二、附加税费。非居民企业或扣缴义务人在计算缴纳或扣缴增值税的同时还需要计算缴纳或扣缴教育费附加和地方教育附加。但对城市维护建设税有所变化。现行政策即《中华人民共和国城市维护建设税法》第二条规定：城市维护建设税以纳税人依法实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据。第三条规定：对进口货物或者境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产缴纳的增值税、消费税税额，不征收城市维护建设税。

三、企业所得税 《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第24号）第二条规定，非居民企业取得来源于中国境内的担保费，应按照企业所得税法对利息所得规定的税率计算缴纳企业所得税。上述来源于中国境内的担保费，是指中国境内企业、机构或个人在借贷、买卖、货物运输、加工承揽、租赁、工程承包等经济活动中，接受非居民企业提供的担保所支付或负担的担保费或相同性质的费用。因此，非居民企业取得来源于中国境内的担保费收入，需要由境内企业按10%代扣代缴企业所得税。

需要注意的是，在计算应代扣代缴增值税及附加税费、企业所得税时，按税费的承担方不同，代扣代缴的税费金额也不相同：如果税费由非居民企业乙公司承担，则确认收入额=合同金额/（1+6%）；如果税费由境内企业甲公司承担，则需要按各项税费的适用税率，还原计算出应税收入额，收入额=合同金额/（1-10%-6%*附加税率）。扣缴义务人根据合同约定的税费承担方式，计算应扣缴企业所得税、增值税及附加税。